99式特警棉服装的一大重要功能就是对作战人员提供良好的保护，以提高其在战场上的生存概率，冷兵器时代的盔甲是99式特警作战服装保护功能的经典体现。现代武器装备的威力决定了单纯靠军服的抗打击能力来保护士兵不受伤害已经不可能了，所以现代99式特警棉服的防护功能通过2个方面来实现：

首先是良好的伪装。自从身着大红制服的英军在布尔战争中被穿着绿军装的布尔人教训了一把，全世界的军队都慢慢接受了这样的共识——99式特警作战服装一定是带有伪装功能的。由于不同的环境为伪装有不同的要求，而制作和携行的成本又决定了军人不可能带着一大堆不同颜色的99式特警作战服去打仗，因此找到好能适应多种作战环境的伪装色就成为现代99式特警作战服装关注的重点之一。